1.以欺诈、胁迫的手段订立协议的效力问题。在行政协议中，一般情况下，无论是行政机关还是行政相对人以欺诈、胁迫手段签订的，如果协议损害了国家利益，而且行政机关采取“欺诈、胁迫手段”，完全违背了合法行政、良善行政的要求，属于“重大且明显”违法情形，因此此类行政协议一般属于无效协议。

2.协议的违约责任问题。行政机关应当遵循诚实信用原则，按照协议约定全面履行义务。行政机关未按约定的期限交付协议约定的标的物，即构成违约，应当承担违约责任。协议未约定违约责任并不能成为行政机关不承担违约责任的理由，人民法院应当在查明案件事实的基础上，依法判令行政机关承担逾期履行期间的违约赔偿责任。如齐某诉某区政府房屋征收补偿协议案，齐某因某区政府未履行回迁安置协议，诉求某区政府立即履行回迁安置协议，安置门市房并按照评估价给付利息。违约方应当承担违约责任，协议未约定违约责任不能成为某区政府不承担违约责任的理由。

信息公开滥诉问题。政府信息公开诉讼中，反复、重复滥申请、滥复议、滥诉讼的案件不胜枚举。人民法院审查当事人是否具有滥用政府信息公开申请权行为、是否具有滥用诉权的主观故意时，应从当事人提起诉讼的数量、周期、目的以及是否具有正当利益等角度综合分析。

证据采信问题。行政机关在作出具体行政行为后自行收集的证据，不能作为认定其被诉行政行为合法的依据。如杨某诉某区政府林权行政登记及某市政府行政复议决定案，杨某请求撤销某市政府作出的行政复议决定及为案外人颁发的林权证。该案中，某区政府、某市政府在原审中提交的关于杨某、李某林权争议情况的说明是原审法院作出裁判的主要依据。该证据出具时间在行政机关为案外人颁发林权证之后，属于行政机关在作出行政行为后自行收集的证据，不能作为认定案外人获颁林权证合法的依据。